NÚKIB je hlavním národním kontaktním centrem v oblasti výzkumu a vývoje v kybernetické bezpečnosti a ochrany utajovaných informací. Úřad se rovněž podílí na vytváření informačního a analytického zázemí pro bezpečnostní komunitu a přispívá ke koordinaci výzkumných aktivit, včetně identifikace výzkumných potřeb, problémů a priorit v kybernetické a informační bezpečnosti.
NÚKIB spolupracuje s akademickou a soukromou sférou na národních i mezinárodních výzkumných projektech a na vývoji a implementaci bezpečnostních technologií využívaných státem.
Většina Úřadem vyhlašovaných výzkumných, vývojových a inovačních projektů je řešena dodavatelsky, formou veřejné zakázky. NÚKIB dále podporuje výzkumné projekty z pozice aplikačního a odborného garanta, případně prostřednictvím dopisu o záměru (Letter of Intent).
V oblasti mezinárodní spolupráce je NÚKIB podporuje vznik mezinárodních konsorcií a s ohledem na vnitřní kapacity Úřadu se zapojí do mezinárodních projektů, jejichž výsledky mají potenciál přispět k rozvoji ochrany českého kyberprostoru.